Hogyan segíti a Folding@Home a koronavírus elleni küzdelmet

A ‘Folding@Home’ felhívásra világszerte sokan jelentkeztek, és ezzel segítik a SARS-CoV-2 vírus fehérje kölcsönhatások megértését, ami a COVID-19-ért, azaz a koronavírus okozta tüdőgyulladásos betegségért felelős.

A FAH kutatócsoportjának néhány tagja egy AMA (Ask Me Anything) csatornát szervezett a Reddit-en keresztül, hogy betekintést nyerhessünk a színfalak mögötti részletekbe. Nem meglepő, hogy a két legfontosabb téma a következő volt: “Miért nem csinál semmit a számítógépem?” és “Mit értünk el ezzel eddig?”

Az első kérdést könnyebb megválaszolni. Az emberek viszik a hírét a kezdeményezésnek mindenhol, így  óriási számban vannak új résztvevők a programban. Már különféle ranglistákon is láthattuk, hogy ez a helyzet, de az AMA-n közvetlen a forrástól is kaptunk adatokat. Februárban körülbelül harmincezer rendszeres közreműködő volt. Azóta pedig több százezer új tag kezdte el a tevékenységet. Ez túlterhelte a szerverinfrastruktúrájukat és egy úgynevezett ‘barátságos’ DDoS támadást eredményezett.

A legtömörebb információt egy ‘folding’ nevű moderátor tette közzé a fórumon az első kérdéssel kapcsolatban:

Itt egy összefoglaló a Folding@Home jelenlegi helyzetről:
– Tudunk a munkaegység kiesésekről
– Ezek a kiesések azért történnek, mert kb. 20-szorosára nőtt a kereslet
– Dolgozunk rajta, és reméljük, hogy hamarosan megoldást találunk.
– Hagyd a gépeidet folyamatosan menni, ők ‘fold’-olják magukat majd.
– Minden egyes alkalommal, amikor megkétszerezzük szerver erőforrásainkat, a donorok száma négyszeresére növekszik, felülmúlva bármit, amit teszünk.”

Miért nem vesznek több szervert?

A válasz megtalálható a Folding@Home GYIK oldalán. A legtöbb kutatási ösztöndíj esetében korlátozva van, hogy mire használják fel a pénzt. Ezek a korlátozások általában kizárják a beruházásokat eszközökre és az infrastrukturális kiadásokat, azaz a kutatók nem vásárolhatnak több szervert. Szerencsére optimista a csapat, mivel ez a közelmúltbeli hírnév felhívta a figyelmét olyan támogatónak is, akik megfelelő forrással rendelkeznek ahhoz, hogy segítsenek. E cikk írása óta háttér infrastruktúrájuk megnőtt, bár még nem érte el a célt. Azon még mindig dolgoznak.

A számítógépes hardveren kívül is vannak gondok. Ennek az elosztott szuperszámítógépnek mind a bemeneti, mind a kimeneti oldalán emberi korlátok vannak. A Folding@Home szakértőknek össze kell állítaniuk a számítógépeinkre elküldhető munkaegységeket, és ugyanilyen szakértelemre van szükség a beküldött eredmények áttekintéséhez és értelmezéséhez. A jó hír az, hogy közreműködésünk óriási mértékben felgyorsította az iteratív folyamataikat. Az eredmények, amelyekre eddig heteket vagy hónapokat kellett várni, most pár nap alatt elkészülnek, és tájékoztatnak arról, hogy a következő munkaegységeket hol kellene megvizsgálni.

Ez a munka valóban hasznos?

Ha egy szóval kell válaszolni, akkor igen. A Folding@Home eredmények ingyenesen elérhetők a kutatók számára, és ezek az adatok hozzájárultak számos közzétett és írás alatt lévő tudományos cikkhez.

Ez a globális világjárvány minden szinten felhívta a figyelmet a problémára, ezért számos más számítástechnikai kutatási projekt is folyamatban van, mint például az AlphaFold és az Oak Ridge Nemzeti Laboratórium erőfeszítései. A Folding@Home nem az egyetlen megosztott számítástechnikai platform. A BOINOC-on lévő Rosetta@Home is  versenyez az emberek számítógépes erőforrásaiért. Valamennyien csak megduplikáljuk az erőfeszítéseket? A csapat megerősítette, hogy nem. Mindezek kiegészítő kezdeményezések amelyek a kihívást több oldalról próbálják megoldani. A többi kutatóval koordinálnak, és nem versenyeznek egymással.

Tudomásul veszik, hogy munkájukat nehéz orvosi kutatókon kívül másokkal is megértetni. De a nyilvános tájékoztatást nagyon szeretnék javítani. Nem találták még meg a módját, hogy egy ilyen bonyolult témát hogyan tömörítsenek egyetlen tweetbe, de időközben olyan erőfeszítésekről számolnak be, mint egy tizenegy részes összegzés, amely arról szól, hogy a Folding@Home hogyan segíti a gyógyszerkutatást és fejlesztést.

Mit tartogat a jövő?

Tervezett a Folding@Home kliens nyílt forráskódú megnyitása, de ez még nem történt meg, és egyértelmű, hogy jelenleg nem ez a legfontosabb. Remélik, hogy forrásuk megnyitása vonzza majd a közreműködőket, és így a Folding@Home több platformon megjelenhet. A BOINC egy nyilvánvaló jelölt, és gondolhatnak a erőteljes videójáték konzolokon is. A szoftverfejlesztők, akik újfajta érdeklődéssel bírnak e terület iránt, elkezdhetik a meglévő nyílt forráskódú alapok áttekintését: a GROMACS-ot – CPU folding core és az OpenMM-et – GPU folding core. További technikai háttér megtalálható a folding támogatási fórumon.

A csapat arra ösztönzi az összes résztvevőt, hogy azután is folytassa tevékenységét, amikor ennek a válságnak vége van, bármikor legyen is az. Miután az eredeti SARS elmúlt, már nem fordítottak akkora figyelmet a kutatásra, ami utólag hibának bizonyult. Igen, ma a SARS-CoV-2-re kell összpontosítanunk, de a kutatók az egész családot jobban meg szeretnék ismerni. Csak idő kérdése, hogy a SARS-CoV-3 (vagy bármi is legyen a neve) megjelenjen. Ekkor az lesz a kérdés, hogy mi milyen felkészültek leszünk és mit tettünk a vírus ellenes küzdelemben?

A Folding@Home támogatása továbbra is értékes lesz, még akkor is, ha ez a világjárvány már a történelemkönyvek része lesz.

Vélemény, hozzászólás?

Az email címet nem tesszük közzé.